Prowadzenie działalności w wynajętych lokalach wiąże się nie tylko z wątpliwościami dotyczącymi ustalenia ich wartości początkowej. Problemy powodować może również zakończenie umowy najmu i rozliczenie niezamortyzowanej wartości początkowej takiej inwestycji.

Przedsiębiorcy mający problem z prawidłową realizacją umów mogą być zobowiązani do zapłaty kar umownych. ale w niektórych sytuacjach kara taka nie będzie mogła zostać zaliczona do kosztów podatkowych.

Prowadzenie działalności w wynajętych lokalach może wymagać adaptacji i poniesienia znaczącego czasami wydatku. Niejasne może być jednak czy wydatki takie mogą być kosztem bezpośrednio czy poprzez odpisy amortyzacyjne

Zdarza się, że przedsiębiorcy w związku ze swoim działaniem lub zaniechaniem zobowiązani są do zapłaty odszkodowania. Odszkodowania te mogą być kosztem podatkowym, chyba że mają taki charakter, któremu ustawa odmawia prawa do odliczenia.

Polskie firmy farmaceutyczne ubiegając się o rejestrację leku i dopuszczenie do obrotu w Polsce muszą przedstawić szczegółową dokumentację dotyczącą leku. W skład takiej dokumentacji wchodzi tzw. dossier, które często nabywane jest (np. w formie licencji) od zagranicznej spółki z grupy. Dossier użyte do rejestracji leku w jednym kraju może być bowiem użyte, po odpowiednim dostosowaniu, do rejestracji tego leku w innym kraju.

Dynamiczny rozwój spółek sprzyja ich międzynarodowej ekspansji i dużym inwestycjom. Trudności z finansowaniem projektów pomagają ograniczyć banki, które łącząc się w ramach konsorcjów są w stanie sprostać wymaganiom nawet bardzo kapitałochłonnych inwestycji.

Zgodnie z przepisami ustawy Prawo farmaceutyczne, do obrotu na terytorium Polski dopuszczone są (z pewnymi wyjątkami określonymi w tych przepisach) wyłącznie te produkty lecznicze, które uzyskały pozwolenie na dopuszczenie do obrotu. Co do zasady, firmy prowadzące działalność w zakresie obrotu wyrobami farmaceutycznymi muszą uzyskać stosowne pozwolenie.

Bardzo często dochodzi do sytuacji, w której przedsiębiorcy ponoszą koszty związane z planowaniem lub rozpoczęciem procesu inwestycyjnego, a ostatecznie realizacja takiej inwestycji nie dochodzi do skutku. W sytuacji ponoszenia takich wydatków, decyzja o zaprzestaniu prac ma istotne konsekwencje podatkowe.

Pomimo daleko posuniętej harmonizacji w zakresie podatków pośrednich w obrębie Unii Europejskiej w praktyce często spotykane są sytuacje, w których polski przedsiębiorca otrzymuje faktury od podatnika unijnego, na których wykazany został podatek od wartości dodanej, tj. podatek odpowiadający swym charakterem podatkowi od towarów i usług, ale pobierany przez inne państwo członkowskie.

Zdarza się, że podatnik użytkujący środek trwały będący własnością innego podmiotu ponosi nakłady na jego wykończenie, ulepszenie czy adaptację. Najczęściej spotykaną tego typu sytuacją jest najem nieruchomości (np. biura, magazynu, powierzchni sklepowej), gdzie pomieszczenia są adaptowane/wykańczane przez samego najemcę, stosownie do jego potrzeb. Nakłady ponoszone w tym celu przez najemcę stanowią tzw. inwestycje w obcych środkach trwałych, od których najemca dokonuje odpisów amortyzacyjnych.